Las salas de exposición del museo se distribuyen en las dos plantas del monumental edificio

Contenido del museo

 Oceania.

 Asia

 Polonia

 Africa

 Europa

 America del Sur

 Evolucion.

Las salas de exposición del museo se distribuyen en las dos plantas del monumental edificio. asignándose a la planta baja una sección compuesta de aspectos paleontológicos, una visión de la prehistoria y la arqueología de la entidad. En esta área resaltan aspectos como la historia del planeta, el sistema solar y las eras geológicas, tratados a través de dioramas y esquemas, así como importantes piezas antiguas como el esqueleto de Mamut rescatado de la población jalisciense de Catarina, y una extensa colección de fósiles de diversas clases. Cuenta con una amplia colección de fósiles petrificados, entre los que destacan el "Mamut de Catarina", el tigre colmillos de sable y el rinoceronte. El diorama de un paisaje regional de hace 20 mil años muestra la vegetación y megafauna característica de esta época. Las salas de prehistoria y arqueología se encargan de ofrecer una visión sobre el poblamiento de América, ubicación de las evidencias más antiguas de asentamientos humanos en la región y el desarrollo cultural de algunas comunidades de la región mesoamericana denominada Occidente, desde el periodo Arcaico hasta el Postclásico. Este piso también contiene una representación de una tumba de tiro, mostrando figuras originales que datan de la época prehispánica donadas por el Señor Guadalupe Peña, quien las consiguió en zonas arqueológicas del municipio de San Sebastian del Oeste.

En la planta alta las salas se integran con una muestra de pintura colonial, que abarca principalmente desde el siglo XVII al XIX, con obras de importantes artistas como los Echave, Juárez, Rodríguez Juárez, Villalpando y Cabrera, entre otros. También se encuentra representada la pintura académica con exponentes que van desde Clausell, hasta Rivera y el Doctor Atl, sin olvidar a algunos artistas de las escuelas modernas y contemporáneas.

El museo cuenta con 14 salas de exhibición: Paleontología y Prehistoria, Arqueología del Occidente, Historia de Jalisco, Etnografía del Occidente y Pintura de los siglos XVII, XVIII, XIX y XX. - exposición permanente -.

El museo regional cuenta con catorce salas, en las cuales se exhiben colecciones relativas a paleontología, prehistoria, arqueología, pintura colonial mexicana, popular, académica, contemporánea, y de origen europeo además, lo que se refiere a historia de Jalisco, así como a las principales étnias (huicholes, tepehuanes, náhuas) de esta región del país.

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