TALLER # 4 - ALINEAMIENTO Y CONSTRUCCIÓN FILOGENÉTICA

UNIVERSIDAD POLITÉCNICA SALESIANA

INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA DE LOS RRNN

BIOINFORMÁTICA- GRUPO #1

19/5/19

Paul Villagrán

TALLER # 4 - ALINEAMIENTO Y CONSTRUCCIÓN FILOGENÉTICA[pic 1][pic 2]

1. ¿Se observan diferencias propias de las especies o de los tipos de globina? ¿Cuáles?

Al momento de realizar el alineamiento de los aminoácidos estructurales de los tipos de globina por analizar, se puede notar diferencias evidentes entre los tipos de globina (alfa, mio, hemo), mientras que las diferencias dentro del tipo de globina son menores, además se puede observar la diferencia debido a los gaps visibles en el alineamiento.

1. Consulte qué son los modelos de sustitución y los de distancia.

Baldi et al (2001) menciona que para corregir la distancia entre secuencias y estimar el número de sustituciones que realmente han ocurrido, se emplean modelos evolutivos, que pretenden describir, mediante una serie de parámetros, la forma en la que se producen las sustituciones en una determinada secuencia, el modelo escogido debe ser lo más ajustado posible al verdadero comportamiento de la evolución de las secuencias, ya que de ello depende que se realice un buen cálculo de la distancia genética entre ellas, que a su vez es la base para construir un buen árbol filogenético.

Huang et al (2008) nos dice que los métodos de reconstrucción filogenética pueden clasificarse en dos tipos según su forma de proceder:

2.1        Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic: Es un método que procede por agrupación de las secuencias que presentan la menor distancia genética. La agrupación de las dos secuencias más relacionadas produce el primer nodo, que se incorpora a una nueva matriz en la que se calcula su distancia a cada una de las secuencias restantes como la media aritmética de las distancias de las dos secuencias componentes del nodo.

2.2        Neighbor-joining: Es un método basado en el criterio de mínima evolución (BME: balanced minimum evolution), en el que el mejor árbol es aquel que minimiza la longitud de las ramas internas

1. Deben construir distintos árboles para el alineamiento, probando con distintos modelos de sustitución, distancias y los algoritmos (de distancia–UPGMA y NJh, de máxima parsimonia y máxima similitud).

1. DISTANCIA UPGMA

[pic 3]

3.2 NJH

[pic 4]

1. MÁXIMA PARSIMONIA

[pic 5]

3.4        MAXIMA SIMILITUD

[pic 6]

1. ¿Hay diferencias entre los árboles? ¿Son las estructuras de los árboles coherentes con lo observado en el Alineamiento múltiple?

Las estructuras son coherentes con lo observado en el alineamiento múltiple ya que en los clusters se juntan globinas de origen similar, por ejemplo: tenemos un cluster de hemoglobinas, de subunidades de hemoglobina, de mioglobina y por último tenemos un cluster únicamente de la Soja (ya que es la única especie vegetal de nuestro alineamiento múltiple), se pudo observar resultados similares en el ensayo, donde los gaps y la diferencia de aminoácidos separaban a los tipos de globina.

...