Ensayo: Extracción de ADN

INTRODUCCIÓN

Azúcar del ARN: Ribosa

Azúcar del ADN: Desoxirribosa

Purinas: A y G, contienen un par de anillos fusionados.

[pic 1]

Pirimidinas: C, T y U, contienen un único anillo.[pic 2]

Estructura del DNA:

1. Nucleótidos
2. Bases nitrogenadas
3. Pares de bases
4. Pentosas
5. Grupos Fosfato (Enlace fosfodiéster  o nucleotídico)
6. Puentes de Hidrógeno

Explica por qué el ADN tiene aproximadamente 10 pares de bases por giro en su estructura: Las bases se van uniendo a lo largo del eje de la hélice mediante los puentes de hidrogeno, dando una separación de 0.34 nm y de 3.4 nm por giro (3.4 nm /0.34 nm).

Nombre de las dos principales estructuras secundarias del RNA: Horquilla y Tallo Bucle

Defina nucleosomas: es la unidad básica de repetición de la cromatina eucariótica.

Defina Histonas: es una proteína que proporciona soporte estructural a un cromosoma.

¿En qué participan los nucleosomas y las histonas? Para enrollar el ADN en los cromosomas

Menciona 3 diferencias entre el RNA y DNA

Cadena doble, ARN cadena Sencilla

Contiene Desoxirribosa, el ARN Ribosa

Contiene Timina y ARN Uracilo

Diagrama de la replicación del ADN:

[pic 3]

Topoisomerasa: Enzima que modula el estado topologico del ADN, regulando su estructura superhelicoidal y jugando un papel muy importante en proceso biológicos.

Cadena adelantada: Cadena 5’ a 3’ de la doble hélice de DNA que se sintetiza continuamente.

Cadena retrasada: Cadena de 3’ a 5’ de la doble hélice de DNA sintetizada a partir de fragmentos de okazaki.

ADN polimerasa alfa: Polimerasa que participa en la síntesis de una nueva cadena de ADN partiendo de la cadena retrasada.

ADN polimerasa delta: Polimerasa que participa en la síntesis de una nueva cadena de ADN partiendo de la cadena adelantada.

ADN ligasa: Enzima que une fragmentos de okazaki entre sí.

Fragmento de Okazaki: Cadenas cortas de ADN recién sintetizadas en la hebra discontinua.

Cebador: Es la secuencia de inicio  en la replicación de la cadena retrasada.

ADN primasa: Enzima que interviene en la síntesis de los fragmentos cortos de del ARN para construir fragmentos de okazaki sobre la hebra retrasada.

Proteínas de unión a cadena simple: Biomoléculas encargadas de estabilizar la apertura del ADN de cadena sencilla.

Helicasa: Enzima que rompe los puentes de hidrógeno  entre las dos cadenas de ADN, separando las cadenas más allá de la síntesis del ADN.

EXAMEN 1.

1. Menciona al menos 4 funciones de las proteínas

• Regula la expresión genómica
• Función enzimática
• Actúan como biocatalizadores de las reacciones químicas del metabolismo celular

1. Defina genes: Unidades hereditarias que contienen información acumulada en el DNA (controlan rasgos identificables de un organismo).

1. En el proceso de Traducción se lleva a cabo el ensamblaje paso a paso, notablemente preciso, de los aminoácidos de los aminoácidos para formar las proteínas. La información en el mRNA es interpretada por tRNA con ayuda del rRNA y sus proteínas asociadas.

1. En el proceso de Transcripción, la información almacenada en el ADN es copiada al ácido ribonucleico, que lleva a cabo tres funciones distintas en la síntesis proteica.

1. En la transcripción son moléculas que se unen a regiones regulatorias  de genes específicos  (control y activación): Factores de transcripción

1. Promotor de ADN: Molécula de ADN que señalará el inicio de la transcripción.

1. Tipo de ARN que porta las instrucciones  del ADN que especifican el orden correcto de los aminoácidos durante la síntesis de proteínas: mRNA

1. Molécula que forma parte del  organelo sintetizador de proteínas. Se exporta al citoplasma para ayudar a traducir la información del mRNA en proteína: rRNA

1. Macromoléculas responsables de regular la expresión génica: Proteínas

1. ¿Qué es la Tm? Es la T de fusión o desnaturalización, a la cual las hebras de ADN se separan rompiendo los enlaces de H, por el incremento de la misma.

1. Calcule la Tm de la secuencia GGTTTCAAATTTCGCAACA: Tm = 2(12) + 4(7) = 52 °C

1.  Codón de Iniciación: AUG, Terminación: UAG, UAA, UGA

EXAMEN KARLA Y MÍO

1. Servidor de acceso público donde se accede a la secuencia completa del genoma de decenas de organismos y a las secuencias de cientos de miles de genes de distintos organismos: Centro Nacional de Información Biotecnológica.

1.  Ácido nucleico celular desde menos de cientos hasta varios miles de nucleótidos  de tamaño: ARN celular

1. Los genes tienen unidades funcionales diferenciadas de 5000 a 100000 nucleótidos de largo, dentro de ellas existen regiones codificantes denominadas Exones y regiones regulatorias. denominadas  Intrones

1. Secuencia completa de ácidos nucleicos necesaria para la sintesi de un producto génico funcional (polipéptido o RNA): Gen.

1. El código es denominado degenerado, más de un codón puede especificar el mismo aminoácido.

1.  De los 64 codones posibles en el código genético  61 especifican aminoácidos individuales y 3 son codones de terminación.

1. En el extremo 3’ del ARNm hay una señal de reconocimiento de poliadenilación cuya secuencia es AAUAAA que atrae a la maquinaria para añadir la cola de PoliA al ARNm.

1. En el extremo 5’ del ARN, se añade durante la transcripción una  CAP, guanina modificada a 7-metilguanosina trifosfato, la cual aumenta la vida media del ARNm en el citoplasma. Los ribosomas reconocen esta guanina, para unirse al ARNm y mediar la traducción a proteína.

1. En la organización el genoma, los diámetros de la fibra de cromatina de nucleosomas empaquetados mide 30 mn, la forma de cromatina como “perlas en un collar” mide 11nm y la región corta de ADN de doble hélice mide 2 mn.

1.  El ARNt está formado por 80 nucleótidos, tiene una estructura en serie de horquillas y bucles formando brazos, en forma de L. Para cada aminoácido hay una molécula de ARNt.

1. En la estructura secundaria de ARNt se distinguen 4 subestructuras, 1 brazo D y su asa, 1 brazo T y su asa, 1 brazo anticodón y su asa y 1 brazo Aceptor de aminoácidos.

1. En el ARNt, el triplete específico de bases nitrogenadas se denomina anticodón y varía entre los distintos  ARNt.

1. Además de los nucleotidos típicos del ARN, el ARNt contiene otros con bases metiladas: Dihidrouridina (UH), Ribotimidina (T), Inosina (I) y Metilguanosina (GMe), que constituyen el 10% de los ribonucleotidos totales del ARNt.

1. El ARNr actúa como ribosima, catalizando la formación del enlace peptídico entre aminoácidos durante la traducción.

1. Código genético utilizado por las células denominado como: código por tripletes 

1.  La mayoría de los aminoácidos son codificados por más de un codón, Metionina y Triptofano tienen un único codón, Leucina, Serina y Arginina, están especificados cada uno por seis códigos diferentes.

EXAMEN 2.

1. Sacárido que forma parte de los ácidos nucleicos: Ribosa
2. Bloques de Construcción del ADN: Aminoácidos
3. Las bases nitrogenadas propias del ADN son: Citosina, Guanina, Adenina y Timina
4. Un nucleótido está formado por: Azúcar, fosfato y base nitrogenada
5. Componentes de los nucleótidos (Orden Correcto): Ácido Fosfórico, Azúcar, base nitrogenada.
6. Nucleótido: Es el monómero que forma los ácidos nucleicos
7. En el ADN las bases nitrogenadas se enlazan A-T y C-G.  Explique desde el punto de vista químico ¿Por qué se da así este apareamiento?  La A y T tienen dos Hidrógenos disponibles para unirse y formar un doble enlace mientras que la C y G tienen tres.
8. Conecta dos nucleótidos dentro de la cadena de polímero de ADN: Fosfato
9. Replicación del ADN: Proceso por el cual el ADN se duplica
10. La base nitrogenada que reemplaza a la Timina en el RNA es: Uracilo
11. Describe la función de los diferentes tipos de RNA:

ARNm: Transporta la información desde el ADN.

ARNt: Lleva aminoácidos al ARNm a través del ribosoma, utilizado en la traducción, produce un anticodón.

ARNr: Acompla las subunidades del ribosoma y sintetiza proteínas.

1. Las hebras de la molécula parental se separan y cada una actúa como una plantilla para una nueva hebra complementaria: Watson and Crick
2. ¿Qué es un polinucleótido? Son cadenas lineales de nucleótidos en los que los grupos fosfato están esterificados a los hidroxilos 5' y 3' 
3. Unidad de DNA que contiene la información para especificar la síntesis de una única cadena polipeptídica  o RNA funcional: Gen
4. Menciona las tres etapas funcionales de la transcripción: Iniciación, Elongación y Terminación.
5. Las células utilizan dos proceso en serie para convertir la información codificada en el DNA en proteínas, ordene los pasos de estos procesos:

1. Los factores de transcripción se unen a regiones regulatorias de genes específicos para controlarlos y activarlos.
2. La RNA polimerasa comienza la transcripción de un gen activado en un sitio de inicio. La polimerasa se mueve a lo largo del DNA uniendo nucleótidos en una hebra simple de pre-mRNA transcripto, utilizando una de las hebras de DNA molde.
3. El transcripto es procesado para eliminar las secuencias no codificantes.
4. En una célula eucarionte, el mRNA se mueve hacia el citoplasma, donde es unido por los ribosomas que leen su secuencia y forman una proteína, mediante enlaces químicos de aminoácidos en una cadena lineal.

EXTRACCIÓN DE ADN VEGETAL:

1. Describe los cuatro pasos principales para la extracción y purificación del DNA:

Lisis: Las sales rompen la estructura 3D de macromoléculas como proteínas  o ácidos nucleicos considerando su desnaturalización.

1. ¿Cuál es la finalidad de emplear la mezcla fenol/cloroformo en la extracción de DNA?
2. Para qué se usa etanol en el lavado del material vegetal:
3. Para qué se usa isopropanol en la extracción de ADN vegetal:
4. Explica el motivo por el cual se leen las absorbancias  a 260, 280 y 230 nm, durante la cuantificación de ácidos nucleicos:
5. Describe los dos tipos de lisis en extracción de ácidos nucléicos:

Lisis mecánica:

1. Surfactante catiónico  usado como una solución tamponante para la extracción del ADN vegetal: CTAB…..
2. Escribe brevemente el paso de resuspensión de ácidos nucleicos:
3. ¿En qué consiste la técnica de electorforesis?

Se lleva a cabo a bajas T para evitar la acción de las enzimas nucleasas o ADNasas.

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