La estructura terciaria de las proteínas

La estructura terciaria de las proteínas.

Haga el siguiente modelo tridimensional de papel.

1. En una hoja de papel oficio apaisada  copie el siguiente dibujo, procurando ocupar la parte más ancha por completo.

[pic 1]

1. Recorte alrededor de todo el dibujo.

1. Recorte verticalmente en las líneas indicadas por las flechas gris claro y hasta llegar a la base de los triángulos superiores.

1. Recorte las regiones indicadas con línea punteada clara (azul).

1. Enrolle las regiones indicadas con letras sobre un lápiz o un tubo delgado, péguelas con cinta adhesiva y luego retire el lápiz deslizándolo hacia afuera.

1. acomode las flechas numeradas (1-7) sobre la mesa una junto a la otra, inclinándolas ligeramente (unos 25 o 30o). únalas con cinta, pero no las encime, sino haga que queden como una cerca de jardín con varas inclinadas), algo así como: //////

1. Levante sus flechas de la mesa y ahora ciérrelas formando un cilindro, al ubicar la flecha 1 junto a la 7, de manera que las regiones en forma de tubo que formó en el paso 5, queden en la parte externa de su barril. Mantenga la misma inclinación entre las flechas 1 y 7 que entre todas las demás y únalas también con cinta.

1. USTED ACABA DE FORMAR UN ESQUEMA TRIDIMENSIONAL DEL LLAMADO BARRIL TIM.

Investigue la estructura de la TIM (triosa fosfato isomerasa), compárela con su dibujo y conteste las siguientes preguntas.

1. ¿Por qué esta estructura recibe el nombre de barril?
2. ¿Qué representan las regiones en forma de tubo?
3. ¿Qué representan las partes en formas de flechas?
4. ¿Qué representan los listones angostos que conectan todas estas regiones?
5. Aprovechando sus conocimientos de estructura secundaria ubique las partes de su modelo en que quedaría los grupos R de los aminoácidos que forman esta estructura. Explique brevemente la causa de esa distribución.
6. ¿Encontraríamos cadenas laterales de aminoácidos atrapadas en el interior del barril?
7. ¿Habría cadenas laterales en las bordes superiores e inferiores del barril?
8. ¿Habrá grupos R de aminoácido que se encuentren en las regiones intermedias entre las zonas tubulares y las flechas planas?
9. Si la respuesta fue si, ¿pertenecen estos grupos a aminoácidos que forman parte de la zona tubular, de la flecha plana o de ambas?
10. ¿Qué tipo de aminoácidos piensa que se encontrarán predominantemente en cada una de las tres regiones anteriormente descritas y qué relación tiene con su función?

Desarrollo de la Actividad

1-Esta estructura recibe el nombre de barril porque adoptan un plegamiento de barril (α/β). Basado sobre su plegamiento de la TIM consta de 8 hebras β paralelas que forman la parte interna del barril rodeado por 8 hélices α, unidas mediante asas, en donde cada segmento tiene de 24 a 44 residuos de aminoácidos.

2- Las regiones en forma de tubo representa la combinación de helices α.
[pic 2]

1. Las partes en formas de flechas representan laminas β.
2. Los listones angostos que conectan todas estas regiones representan los puentes de Hidrogeno.^[a]
3. Aprovechando sus conocimientos de estructura secundaria ubique las partes de su modelo en que quedaría los grupos R de los aminoácidos que forman esta estructura. Explique brevemente la causa de esa distribución. En esta estructura supe secundaria, numerosas estructuras β orientadas de forma anti paralela se entrecruzan entre si dando lugar a una especie de canasta o barril, donde los residuos hidrofobicos se acumulan en el interior. La hélice α se debe a la formación de enlaces de Hidrogeno entre el      -C=O de un amonoacido y el –NH- del cuarto aminoácido que le sigue.

Lamina β cadena en forma de zig-zag, disposición al azar.

Estabilizada debido a la existencia de enlaces entre radicales  R de residuo de aminoacido

[pic 3] [pic 4]

1. Encontraríamos cadenas laterales de aminoácidos atrapadas en el interior del barril? SI

1. ¿Habría cadenas laterales en las bordes superiores e inferiores del barril?     

SI, en una enzima une  la molécula de sustrato de forma específica que suele ser un bolsillo o forma de hendidura que se forma entre la cadena lateral de los aminoácidos, estas cadenas facilitan la unión del sustrato en la que interviene catálisis. (Centro catalítico).  

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