Uso de BLAST, búsqueda de genes y secuencias de proteínas

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE NUEVO LEON[pic 1][pic 2]

FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS

DEPARTAMENTO DE MICOLOGIA

Uso de BLAST, búsqueda de genes y secuencias de proteínas

Introducción

El comparar secuencias nucleotídicas y aminoacídicas entre diversos organismos “in silico” es importante en la biología molecular, ya que permite inferir funciones y predecir nuevos probables miembros para familias génicas. Una herramienta que permite localizar secuencias similares es “BLAST” (Basic Local Alignment Search Tool), ya sean nucleotídicas o aminoacídicas.

Objetivos

Búsqueda de genes y proteínas en bases de datos.

Traducir in silico posibles Marcos de Lectura Abiertos contenidos en secuencias de DNA previamente seleccionadas.

Material

Programas

• Blast del NCBI
• Bioedit

Metodología

1. Acceder a la base de datos, mediante el uso del número de acceso y obtener la secuencia en formato FASTA.
2. Convertir a DNA para usarlo como sonda, usando la herramienta (http://web.expasy.org/translate/).
3. Utilizando los parámetros establecidos, utilizar BLASTn y completar el cuadro anterior,
4. Para determinar la ubicación en el genoma, cambiar la base de datos a “Refseq genomic sequences” y especificar el organismo donde se desea realizar la búsqueda.
5. Identificar la región del genoma de todas las secuencias.

Posterior a esto, usar el programa ORF finder, trabajando con la secuencia 2, obtener 4,000pb río arriba y río abajo, ingresar la secuencia al ORF finder.

1. Tomar cada marco de lectura abierto.
2. Realizar un BLAST DNA --> Proteína.
3. Identificar probables funciones.
4. Mencionar las regiones Intergénicas.

Resultados

Completar la información de la siguiente tabla:

*Cromosoma o región

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