Analisis de hidropatia

A

ANALISIS DE HIDROPATIA

Identifica las porciones de la cadena polipeptidica que son propensas a acoplarse a la proteina globular o a exponerse en su superficie, detectando los segmentos transmembrana potenciales.

La identificacion de regiones expuestas en las proteinas es particularmente importante porque permite caracterizar la presencia de dominios con picos hidrofílicos que podrían ser sitios potencialmente antigénicos . Los metodos clasicos de analisis hidropatico grafican la hidropatia a lo largo de la secuencia, usando una ventana corrediza y tablas hidropaticas de amino acidos. El PHD (neural network program), en adicion a la prediccion de la estructura secundaria, tambien predice los segmentos de la proteina que se encuentran expuestos y acoplados.

ANTICUERPO

Los anticuerpos (también conocidos como inmunoglobulinas, abreviado Ig), son glicoproteínas del tipo gamma globulina. Pueden encontrarse de forma soluble en la sangre u otros fluidos corporales de los vertebrado o plantas, disponiendo de una forma idéntica que actúa como receptor de los linfocitos B y son empleados por el sistema inmunitario para identificar y neutralizar elementos extraños tales como bacterias,virus o parásitos.

El anticuerpo típico está constituido por unidades estructurales básicas, cada una de ellas con dos grandes cadenas pesadas y dos cadenas ligeras de menor tamaño, que forman, por ejemplo, monómeros con una unidad, dímeros con dos unidades o pentámeros con cinco unidades. Los anticuerpos son sintetizados por un tipo de leucocito denominado linfocito B. Existen distintas modalidades de anticuerpo, isotipos, basadas en la forma de cadena pesada que posean. Se conocen cinco clases diferentes de isotipos en mamíferos que desempeñan funciones diferentes, contribuyendo a dirigir la respuesta inmune adecuada para cada distinto tipo de cuerpo extraño que encuentran.

Activación del complemento

Los anticuerpos que se unen a la superficie de los antígenos, por ejemplo, en una bacteria, atraen los primeros componentes de la cascada del complemento mediante su región Fc e inician la activación del sistema "clásico" del complemento. Esto acaba con la muerte de la bacteria de dos formas: Primero, la unión de las moléculas del complemento con el anticuerpo marca al agente extrano para la ingestión por los fagocitos en un proceso llamado opsonización. Estos fagocitos son atraídos por ciertas moléculas del complemento. En segundo lugar, algunos componentes del sistema del complemento forman un complejo de ataque a membrana para ayudar a los anticuerpos a matar a la bacteria por medio de lisis. Los anticuerpos más efectivos en la activación del Sistema del Complemento son los de tipo IgM y los de tipo IgG subclase 1 y 3 (IgG1 e IgG3)

USOS DE LOS ANTICUERPOS

Especificidad de unión, Homogeneidad, Capacidad para ser producidos en cantidades ilimitadas.

Los Ac monoclonales son una valuable herramienta de investigación, p.e. un Ac monoclonal que interactúa con una proteína puede usarse para marcar y así localizará esta proteína en una célula específica de un órgano o dentro de la célula en un compartimiento subcelular específico. Una vez identificadas aún las proteínas pueden ser aisladas por columnas de afinidad a las que se unen los Ac monoclonales.

Un Ac monoclonal se puede considerar como un reactivo químico bien definido que puede reproducirse a voluntad en contraste con un antisuero convencional, que es una mezcla variable de especies químicas y nunca se puede reproducir cuando se agota el material original.

La ventaja más importante de la técnica de hibridomas es que se pueden hacer Ac monoclonales contra moléculas no purificadas que constituyen un componente menor de una mezcla compleja. Esta ventaja deriva del hecho que se pueden seleccionar clones de hibridomas individuales que produzcan un Ac en particular en una gran mezcla de células híbridas diferentes que producen una variedad de Ac diferentes.

Palabra(s) clave:

ATP

El trifosfato de adenosina o adenosín trifosfato (ATP, del inglés Adenosine TriPhosphate) es un nucleótido fundamental en la obtención de energía celular. Está formado por una base nitrogenada (adenina) unida al carbono 1 de un azúcar de tipo pentosa, la ribosa, que en su carbono 5 tiene enlazados tres grupos fosfato.

Se produce durante la fotorrespiración y la respiración celular, y es consumido por muchas enzimas en la catálisis de numerosos procesos químicos. Su fórmula es C10H16N5O13P3.

Las reacciones endergónicas se manifiestan durante los procesos anabólicos que requieren energía para convertir los reactivos(sustratos o combustibles metabólicos) en productos. Por otro lado, durante las reacciones exergónicas se libera energía como resultado de los procesos químicos (ejemplo: el catabolismo de macromoléculas). La energía libre en un estado organizado, disponible para trabajo biológico útil. Las reacciones endergónicas se llevan a cabo con la energía liberada por las reacciones exergónicas. Las reacciones exergónicas pueden estar acopladas con reacciones endergónicas. Reacciones de oxidación-reducción (redox) son ejemplos de reacciones exergónicas y endergónicas acopladas.

Los organismos pluricelulares del Reino Animal se alimentan principalmente de metabolitos complejos (proteínas, lípidos, glúcidos) que se degradan a lo largo del tracto intestinal, de modo que a las células llegan metabolitos menos complejos que los ingeridos, por ejemplo vía la oxidación a través de reacciones químicas degradativas (catabolismo). Los metabolitos simples y la energía obtenida en este proceso (retenida en su mayoría en el ATP) conforman los elementos precursores para la síntesis de los componentes celulares. A todo el conjunto de reacciones de síntesis se llama anabolismo.

Además, en el catabolismo (oxidación) se produce una liberación de electrones que son captados por moléculas transportadoras de electrones como el NAD+ (que al aceptar electrones se reduce a NADH).

Recapitulando, la síntesis (anabolismo) de los compuestos celulares se realiza con los metabolitos simples, utilizando la energía contenida en el ATP y los electrones contenidos en el NAD, siendo un proceso reductivo (reducción de electrones). Podría decirse que el ATP es la moneda de intercambio energético debido a su estructura química. Cuando se hidroliza libera mucha energía que es captada por las enzimas que catalizan las reacciones de biosíntesis.

azul de Coomassie

AZUL DE COOMASSIE

También llamado Coomassie blue o Coomassie Brilliant blue es un colorante derivado del trifenilmetano. Originalmente se utilizó en la industria textil, pero actualmente es muy empleado en bioquímica para teñir geles de electroforesis y en la cuantificación de proteína por el método de Bradford.

El nombre de Coomassie se aprobó a finales del siglo 19 como un nombre comercial por el fabricante del tinte Blackley Ltd Levinstein. En 1896, durante la Cuarta Guerra Anglo-Ashanti, las fuerzas británicas tenían ocuparon el pueblo de Coomassie (hoy en día en Kumasi, en Ghana). En 1918 Levinstein Ltd pasó a formar parte de British Dyestuffs que en 1926 pasó a formar parte de la Imperial Chemical Industries. A pesar de que ICI todavía posee la marca de Coomassie, la compañía ya no fabrica los tintes.

Artículos publicados en revistas de bioquímica con frecuencia se refieren a estos colorantes simplemente como "Coomassie" sin especificar a qué medio de contrastese utiliza realmente. De hecho, el Índice de Color enumera más de 40 colorantes con "Coomassie" en su nombre.

Formula molecular: C47H49N3NaO7S2

Masa molar: 825,97 g/mol

Palabra(s) clave:

B

BamHI

BamHI: Es una enzima de restricción , derivada de Bacillus amyloliquefaciens. Utilizada junto con primers para la amplificación del ADN que luego se utilizara para clonación. BamHI, tiene el sitio de reconocimiento en 5'GGATCC y 3'CCTAGG, dejando un extremo pegajoso, compatible con muchas otras enzimas. Es recomendable utilizar alícuotas antes de su uso, por algun problema con el procedimeinto. En la ingeniería se han creado variantes de de la enzima con el fin de evitar la actividad estrella .

Bioreactor

BIOREACTOR

After having cloned the gene of interest and having optimised the conditions to induce the expression of the target protein, one has to consider producing it on a large scale. If any protein encoding gene is expressed in a heterologous host, is called a recombinant protein. The cells harbouring cloned genes of interest may be grown on a small scale in the laboratory. The cultures may be used for extracting the desired protein and then purifying it by using different separation techniques.Small volume cultures cannot yield appreciable quantities of products. To produce in large quantities, the development of bioreactors, where large volumes (100-1000 litres) of culture can be processed, was required.

Bioreactors can be thought of as vessels in which raw materials are biologically converted into specific products, individual enzymes, etc., using microbial plant, animal or human cells. A bioreactor provides the optimal conditions for achieving the desired product by providing optimum growth conditions (temperature, pH, substrate, salts, vitamins, oxygen).

A stirred-tank reactor is usually cylindrical or with a curved base to facilitate the mixing of the reactor contents.

The stirrer facilitates

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