BASES DE DATOS GENÓMICAS

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE NUEVO LEON FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS DEPARTAMENTO DE MICOLOGIA Laboratorio de Genómica Estructural y Comparativa

Eduardo Bautista Osorio Grupo 451.

PRACTICA 1. BASES DE DATOS GENÓMICAS

INTRODUCCIÓN Muchos laboratorios se han encargado de descifrar el genoma completo de varias especies representativas de cada reino. Durante dicho acontecimiento, se generaron inmensas cantidades de datos que fueron almacenadas en grandes bases de datos, la gran mayoría de las cuales han publicado su información de manera accesible.

Al tener toda esta información, ha sido necesario la realización de diferencias y semejanzas entre estas secuencias; por lo que han optado en utilizar programas bioinformáticas para llevarlo a cabo. Un dato muy importante, es que los programas bioinformáticas disminuyen notablemente la probabilidad de error que al realizarlos de manera manual. Los sistemas más importantes empleados para las bases de datos son programas para visualización, control de secuencias, generación y ensamblaje de secuencias, entre otros.

La medicina molecular y la biotecnología constituyen dos áreas prioritarias científico tecnológico en el desarrollo e innovación tecnológica. La importancia de la bioinformática es la integración de datos, para facilitar así su entendimiento.

Debido al inmenso avance de la genética molecular y la genómica, la medicina molecular se constituye como arma estratégica del bienestar social del futuro inmediato. Existen numerosas bases de datos que se pueden clasificar de la siguiente forma:

Bibliográficas Taxonómicas Nucleotídicas Genómicas Proteínas

OBJETIVO Aprender a obtener datos (secuencias) a partir de diferentes bases de datos de ácidos nucleicos.

MATERIAL  Acceso a internet.  Listado de bases de datos

1. GenomeNet www.genome.ad.jp

2. Broad Institute www.broad.mit.edu

3. National Center of Biotechnology information www.ncbi.nlm.nih.gov

4. J. Craig Venter Institute www.tigr.org

5. European Bioinformatics Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE NUEVO LEON FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS DEPARTAMENTO DE MICOLOGIA Laboratorio de Genómica Estructural y Comparativa

Eduardo Bautista Osorio Grupo 451.

METODOLOGÍA 1. Acceder a las bases de datos que se establecen y buscar los genomas completos de cada reino (si no se encentra dentro de las opciones de la página, utilizar un buscador como google en la base de datos TIGR).  GENOME NET: Kegg - Kegg genomes - Complete genomes.  BROAD INSTITUTE: For the Scientific Community - Data.  TIGR: Búsqueda en google (Plants TIGR, Microbial TIGR, Smurf TIGR).  NCBI: Genome- Advanzed - Organism (reino).  EBI: Data Resources and Tools - Genomes - ENA Genomes Server. 2. Separar la información por reinos en caso de no aparecer (animales, plantas, protozoarios, hongos, bacterias y arqueas) y anotar el número de genomas de cada uno. 3. Analizar los datos proporcionados por cada base de datos y seleccionar el genoma mejor anotado de los mamíferos.

1. Buscar las secuencias en la base de datos correspondiente (si no se encuentra el número de acceso utilizar un buscador como google, en especial para la base de datos TIGR y GenomeNet). 2. Analizar la secuencia obtenida. 3. Obtener el formato FASTA de cada secuencia y anotar en la tabla si tiene la opción de formato FASTA. 4. Acceder a bases de datos de cDNA y marcar si existe acceso a tal información, al buscar en la barra de búsqueda.

RESULTADOS I. De las bases de datos anteriores, contesta las siguientes preguntas. 1. ¿A cuántos genomas de los diferentes reinos tienes acceso?

II. Contesta la tabla con ayuda de las bases de datos. Marca + y – según corresponda. 1. ¿Tienes acceso a secuencias de cDNA? 2. ¿Puedes obtener secuencias tipo FASTA? 3. ¿Qué genoma de mamífero esta mejor anotado?

ANIMALES PLANTAS PROTOARIOS HONGOS BACTERIAS ARQUEOBACTERIAS 1. 59 19 34 102 2115 145 2. 32 81 3. 778 525 4 421 3915 250 4. 42 254 20 27 672 48 5. 166 2200 146

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE NUEVO LEON FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS DEPARTAMENTO DE MICOLOGIA Laboratorio de Genómica Estructural y Comparativa

Eduardo Bautista Osorio Grupo 451.

III. Contesta y pega los cuadros pedidos.

1. Obtén de la página NCBI la secuencia FASTA de ADQ27862.1 y pégala en el siguiente recuadro.

>gi|312125837|gb|ADQ27862.1| cutinase [Colletotrichum truncatum] MKFLSIISLAVSLVAAAPVEVGLDTGVANLEARQSSTRNELESGSSSNCPKVIYIFARASTEPGNMGISA GPIVADALESRYGASQVWVQGVGGPYSADLASNFIIPEGTSRVAINEAKRLFTLANTKCPNSAVVAGGYS QGTAVMASSISELSSTIQNQIKGVVLFGYTKNLQNLGRIPNFSTSKTEVYCALADAVCYGTLFILPAHFL YQADAATSAPRFLAARIG

2. Obtén de la página GenomeNet la secuencia FASTA de LbrM34_V2.0540 y pégala en el siguiente recuadro.

>lbz:LBRM_34_0540 proteophosphoglycan ppg4 (A) MEHIAVPGTFLFGNLPSEWGGMSGLKYLDAGGTMLTGQLPTTWSNLKNLEVLRINEAMLS GSLPDTWSSMTSLKQLDLSTNTIDAILPSSWRLLKNIRSLQLQSNHLRGTLPQSWKELTN IEEFRVDDNQLIGRIPESYSAWIKIKNADLRLNNFCECLPSRWVDNNGITISATADAPVL AEDCATENQCTDIPPPSSSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSS SAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSS APSSSSSSAPPSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSA PSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSA PSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSA PSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAP SSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAP SSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAP SSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPS SSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPS SSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPS SSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPS SSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSS SSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSS SSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSS SSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPFSSSSAPSSSS SSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSS SAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSS APSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSS APSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSS APSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSS APSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSAPSSSSSSAPSSSSSAPSSSSSLR RPAAAPRRRRPRRLRRPAAAPRRRRPRRLRRPAAAPRRRRPRRLRRPAAAPRRRRPRRLR

...