Homeodominio

HOMEODOMINIO

El homeodominio es un dominio de unión al ADN que consta de unos 60 aminoácidos, presente en las denominadas homeoproteínas. Este dominio está codificado por una región de 180 pb del DNA conocido como homeobox.

Cada homeodominio consta de tres α-hélices, dos de ellas en conformación helix-turn-helix (HTH, al igual que muchos de los factores de transcripción que se unen al DNA interaccionando con el surco mayor), mientras que la tercera hélice (“hélice de reconocimiento”) contacta adicionalmente con las bases del DNA a través del surco menor.

La gran mayoría de los homeodominios reconocen un elemento basal del DNA altamente conservado que sirve como promotor en muchos genes (motivo TATA), siendo la T en dirección 5´ determinante para este reconocimiento (de modo que mutantes para esta base serán incapaces de unir el homeodominio).

DEDOS DE ZINC

Los dedos de zinc son pequeños motivos estructurales de proteínas que pueden coordinar uno o más iones de zinc para ayudar a estabilizar sus pliegues. Se pueden clasificar en diferentes familias estructurales y normalmente funcionan como módulos de interacción que unen el ADN, ARN, proteínas y moléculas pequeñas. El nombre de "dedo de zinc" fue acuñado para describir la hipótesis de la estructura de la unidad repetida del factor de transcripción IIIA en Xenopus laevis.

Los dedos de zinc coordinan iones de zinc con una combinación de residuos de cisteína e histidina. Pueden ser clasificados por el tipo y orden de estos residuos de coordinación con el zinc (por ejemplo, Cys2His2, Cys4, y Cys6). Un método más sistemático los clasifica en distintos "grupos de pliegues" basado en la forma de la columna de la proteína en el dominio plegado. El "grupo de pliegues" más común de dedos de zinc es el de tipo Cys2His2 (el "clásico dedo de zinc"), clave triple y cinta de zinc.

HELICE CON ALAS

El motivo hélice-giro-hélice se identificó originalmente como el dominio de unión al DNA de los represores de fagos. Una hélice α yace en el gran surco del DNA; la otra, en ángulo a través del DNA. Una forma parecida del motivo se puede encontrar en el homeodominio, una secuencia que se caracterizó por primera vez en varias proteínas codificadas por genes que tienen que ver con la regulación del desarrollo de la Drosophila. Está también presente en genes que codifican para factores de transcripción de mamíferos. Las proteínas reguladoras Oct-1 y Oct-2, cuya secuencia de fijación es un octámero, son ejemplo de esta estructura.

ZIPPER DE LEUCINA

El zipper de leucina es un tramo de aminoácidos ricos en residuos de leucina que proporciona un motivo de dimerización (esquema). La formación de dímeros emergió como principio común en la acción de las proteínas que reconocen secuencias

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