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Naruto regresa a Konoha junto con Jiraiya, y este se reencuentra con sus viejos amigos ahora shinobis más poderosos, mientras que los Akatsuki empiezan a juntar a todos los Bijū empezando por el Shukaku dentro de Gaara, tras avanzar la historia Naruto y sus amigos deberán enfrentarse a los miembros de la organización y derrotarlos, entre ellos Hidan y Kakuzu los cuales aparentemente eran inmortales, en esa batalla muere Asuma pero logran vencer al poderoso dúo. Por otra parte Sasuke quien esta con Orochimaru el cual su cuerpo esta al límite decide tomar el cuerpo de Sasuke, pero el Uchiha decide matarlo, después de ello libera a tres integrantes prisioneros: Suigetsu, Jūgo y Karin formando entonces Hebi, Sasuke decide buscar a Itachi y matarlo. Kisame e Itachi logran capturar al biju de cuatro colas y son informados de la muerte de Orochimaru, ante esto Deidara y Tobi salen en la búsqueda de Itachi o Sasuke pero también Kakashi y Kurenai forman sus equipos de búsqueda, Deidara y Tobi se encuentran con Sasuke quien decide pelear ante Sasuke tras una larga batalla Deidara como ultimo recurso se autodestruye con su arte final pero Sasuke sobrevive, ante esto Kakashi y los otros se apresuran, Tobi revela ante Pain y Konan que él es Madara Uchiha, mientras que Jiraiya decide ir a Amegakure y buscar a Pain, este recuerda como conoció a los tres huérfanos de la lluvia: Nagato, Yahiko y Konan, donde Jiraiya decide quedarse un tiempo y entrenarlos, de vuelta en el presente y tras infiltrarse en la aldea descubre que Hanzö ha sido asesinado Konan lo descubre e inicia la batalla donde más tarde Pain aparece, el Sannin descubre que este posee el Rinnegan por lo activa el Modo Ermitaño se inicia entonces la verdadera batalla donde se reúnen los seis caminos del dolor, Jiraiya al no tener oportunidad es asesinado y su cuerpo se hunde en el fondo del mar pensando en como se llamaría su libro. En otro lugar la búsqueda de Sasuke continua, donde Naruto se encuentra con Tobi y el resto del equipo decide pelear, Sasuke por fin encuentra a Itachi donde se decidirá la batalla final entre los Uchiha, donde tras un inicio con solo Genjutsu, Itachi activa el Mangekyō Sharingan y le quita el ojo derecho a su hermano pero Sasuke rompe el Tsukuyomi, entonces deciden usar el estilo de fuego clásico de los Uchiha, Itachi decide usar el Amaterasu sabiendo los riesgos que conlleva pero Sasuke usa una sustitución y se prepara para el contraataque al usar el Kirin con el cual domino al mismo rayo, lanzando la poderosa técnica crea una poderosa explosión, Sasuke piensa que la victoria es de el pero Itachi se levanta y utiliza el Susano una poderosa armadura la cual incluye la Espada Toksuka y un poderoso escudo, Sasuke al no tener mas Chakra su sello maldito se desata liberando a ocho gigantes serpientes blancas las cuales hacen frente al Susano pero son decapitadas una a una, hasta que de la boca de una sale el mismo Orochimaru el cual es atravesado y sellado por Toksuka, Sasuke sin nada que hacer acepta la derrota de antemano, pero Itachi enfermo mucho antes de la batalla agoniza en sus ultimas instancias, Itachi muere al tocarle la frente a Sasuke. Poco después Tobi aparece y se lleva a Sasuke donde le cuanta la verdad del Clan Uchiha liderado por el mismo y el Clan Senju liderado por Hashirama, después de que Sasuke se recupera Sasuke le ofrece unirse a Akatsuki y también al resto de su equipo ahora Taka, pero para probar si son leales a la organización deberán ir y capturar al Jinchuriki del ocho colas el cual vive en la Kumogakure llamado Killer Bee, cuando lo encuentran Jūgo y Suigetsu tratan de acabar con el sin éxito ahora es turno del Uchiha el cual le quita la espada de Zabuza, al ver esto Killer Bee usa todo su poder ante Sasuke el cual resulta herido pero es curado por Karin. El Jinchuriki decide usar el poder de su Biju y transformase en el mismo Hachibi, así este casi acaba con el grupo Taka, Sasuke como ultimo remedio usa el Amaterasu con el que quema a la bestia y así venciéndolo, Poco después a su regreso a la aldea Naruto se entera de que Jiraiya ha muerto, por lo que decide ir a entrenar con los sapos y aprender a usar el Senjutsu, mientras que los akatsuki descubren que han sellado es un clon del Hachibi, Pain decide ir a Konoha a buscar al Kyūbi junto con los otros cinco caminos y Konan, Todos los shinobis se preparan para pelear contra Pain pero no pueden vencerlo, al no encontrar a Naruto, Pain decide destruir a Konoha pero llega Kakashi y se prepara para pelear pero este no tiene posibilidades de ganar, Choji y Choza llegan para ayudarlo quienes no pueden ganarle, Kakashi muere protegiendo a Choji. Konoha sigue siendo destruida de a pocos, hasta Pain decide usar el Shinra Tensei dejando un cráter en medio de la aldea pero entonces llega Naruto sobre los tres sapos, los seis caminos se reúnen, Tsunade llega y se muestra como la quinta Hokage pero sin fuerzas deja todo en manos de Naruto el cual uno a uno va venciendo a los caminos gracias al Senjutsu y al Futon: Rasen Shuriken, pero cuando solo queda el Camino Deva, Hinata llega pero es derrotada y le confiesa sus sentimientos a Naruto, Naruto ante la ira desata el poder del Kyūbi liberando seis colas, Yamato decide ir a la batalla, Pain usa el Chibaku Tensei una técnica muy poderosa pero el alboroto del Kyūbi es incontrolable y se libera pues muestra ya ocho colas, en su subconsciente Naruto influido por el Kyūbi decide abrir el sello pero entonces el Cuarto Hokage se aparece e inicia una charla sobre su pasado el ataque a Konoha hace 16 años y el hombre enmascarado quien es el que manipula a Nagato y sobre el propósito de Jiraiya, Minato logra hacer nuevamente el sello, Naruto en modo ermitaño logra vencer a Pain y localizar a Nagato cuando lo encuentra nota que este esta en un muy mal estado, Nagato le cuenta su historia y de como perdió a su amigo Yahiko y su familia, ante esto Naruto le alega que el cambiara el mundo y borrara el odio y el dolor, Nagato atónito antes la respuesta de Naruto, Nagato usa ya sin fuerzas el Gedō: Rinne Tensei no Jutsu con el cual revive a todos los ninjas caídos durante la invasión en sus ultimas palabras Nagato le confía en que el podrá cambiar al mundo ninja, Naruto es recibido como un héroe en Konoha. Poco después unos ninja de la nube llegan a Konoha entregando un mensaje por parte del raikage en el que invita

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