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La boca está situada en la zona ventral de la región cefálica, y puede estar rodeada por bandas ciliadas del aparato rotador que crean pequeñas corrientes que atraen las partículas de alimento del entorno. A continuación encontramos la faringe, muy muscularizada, a la que se accede directamente a través de la boca o mediante un delgado tubo ciliado (como ocurre en algunas especies suspensívoras) situado entre ambas estructuras. La faringe presenta siete piezas duras y articuladas conocidas como trophi (que actúan a modo de dientes), y forman en conjunto el mástax (que actúa como el aparato masticador). Los trophi se distribuyen de la siguiente manera:

Incus: son un conjunto de 3 piezas en la posición central de la faringe. Estas piezas reciben el nombre de ramus (2 piezas) y fulcrum (1 pieza).

Malleus: son un conjunto de 4 piezas en posición periférica. Estas piezas reciben el nombre de manubrium (2 piezas) y uncus (2 piezas).

Los trophi (y mástax) son muy variables, y dependen principalmente del régimen alimentario de cada especie, por lo que es un buen identificador taxonómico. Situado en la parte posterior de la faringe encontramos glándulas salivares que vierten al mástax diversas enzimas digestivas. Por detrás de la faringe se encuentra un esófago que desemboca a un amplio estómago, situándose entre ambos un par de glándulas gástricas. Después del estómago aparece un intestino que desemboca en una cloaca a la que también vierten el sistema excretor y reproductor.

Existen rotíferos con una cutícula relativamente gruesa y rígida que dan al animal una apariencia capsular; otros son flexibles y de aspecto y movimiento vermiforme. Aunque la gran mayoría de rotíferos son nadadores, algunos son sésiles y viven en el interior de tubos o cápsulas gelatinosas. Alrededor de 25 especies son coloniales (como Sinantherina semibullata). En la mayoría de especies los machos son escasos, de forma que la reproducción por partenogénesis es bastante común. Además existe un marcado dimorfismo sexual ya que los machos existentes suelen tener el aparato digestivo atrofiado, y su existencia se reduce a la producción de esperma. La vida de una hembra suele ser de una o dos semanas. Algunas especies son xerobiontes, es decir, sus huevos fertilizados se enquistan y crean formas de resistencia capaces de sobrevivir a los períodos de sequía y desecación en los que el hábitat acuático desaparece por motivos estacionales. Al ser rehidratados emergen rápidamente (en menos de dos horas) como organismos con capacidad natatoria. Algunas especies producen un derivado del azúcar trehalosa con el que crean una sustancia gelatinosa que ayuda a resistir a la falta de agua ambiental.

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