La estructura tridimensional de la ATP

La estructura tridimensional de la ATP sintasa de Trypanosoma cruzi aún no ha sido elucidada mediante técnicas espectroscópicas, por lo cual, no existe ningún cristal de esta enzima reportado en las bases de datos. Así pues, para la realización de este trabajo, primero es necesario construir un modelo tridimensional de la enzima de interés:

Comenzamos buscando la secuencia de la subunidad beta de la ATP sintasa de Trypanosoma cruzi sylvio X/10 en la base de datos UnitPro (http://www.uniprot.org/):

[pic 1]

*Esta base de datos tiene una vasta colección de secuencias de proteínas que se divide en dos: una base corregida y revisada manualmente (Swiss-Prot), y una base con secuencias no revisadas ni corregidas (TrEMBL).

Descargamos la secuencia y la guardamos en un archivo de texto con la extensión .fasta

Descargamos la secuencia y la guardamos en un archivo de texto con la extensión .fasta

 [pic 2]

*El formato FASTA es ampliamente utilizado en bioinformática para representar secuencias de proteínas y ácidos nucleicos. La simplicidad de este formato lo hace muy útil y fácil de manipular, además de que es compatible con casi todos los procesadores de texto.

Enseguida, realizaremos una búsqueda en BLAST para encontrar un templado adecuado y poder construir la estructura tridimensional de la subunidad beta de la ATP sintasa de Trypanosoma cruzi sylvio X10 mediante modelado por homología.

Para la búsqueda, utilizaremos la secuencia que descargamos, y buscaremos en la base de datos PDB con el algoritmo blastp:

[pic 3]:

*BLAST es una herramienta bioinformática de alineamiento de secuencias (de ADN, ARN o proteínas) capaz de comparar una secuencia 'problema' contra una gran cantidad de secuencias reportadas en diferentes bases de datos.

 [pic 4]

Después de la búsqueda, el usuario escoge alguna de las estructuras encontradas mediante el algoritmo utilizando principalmente dos criterios: % de identidad con la secuencia problema y resolución de la estructura cristalizada.

Una vez elegido el templado adecuado (2JDI), se construye el modelo tridimensional: 

[pic 5]

Existe una gran cantidad de software para la construcción de estructuras tridimensionales mediante modelado por homología; algunos de los más conocidos y utilizados son SWISS-MODEL y Modeller.

...