Los monstruos de efectos avanzados

monstruos de efecto avanzado: los monstruos "spirit" y los monstruos "unión". También se introduce al uso de contadores, siendo los primeros los "contadores mágicos." Aparecen más monstruos rituales, pero en menor medida que los monstruos de fusión. También salen monstruos que aumentan su Nivel para identificarlos en su nombre se les coloca LV Seguido del Nivel. Con este auge comienzan a prohibirse cartas insignia de la primera generación con las llamadas listas de cartas prohibidas/limitadas, ello porque su uso combinación con los nuevos monstruos de efecto era considerada una ventaja excesiva en los duelos. En su reemplazo nacieron otras cartas y los monstruos comenzaron a añadir la más restricciones como "No puede ser invocado de Modo Especial" para evitar estos problemas a futuro.

Se lanzan otros 8 sobres de expansión, quedando los 3 primeros sin traducir al español hasta la llegada del Sobre de Expansión Invasión del Caos. También nacen las Colecciones, una especie de sobres de expansión pero mucho más voluminosos en el número de cartas que las componen y tienden a compilar cartas de sobres anteriores y rescatan cartas no traducidas al español hasta ese momento. En total 4 Colecciones pertenecen a la segunda generación, comenzando con Principio Oscuro Volumen 1 hasta Revelación Oscura Volumen 2.

llamadas "fusión de contacto". Se lanzan 3 barajas de principiantes y 4 de estructura continuando con los temas que no fueron utilizados en la segunda generación. Aparecen también los sobres de duelista, que son sobres de expansión basados en cartas de un personaje del animé en particular alternando con otras.

Proliferan los arquetipos que son cartas relacionadas entre sí por el nombre. La mayoría de los arquetipos cuentan con efectos de cartas exclusivos para ellos y que ayudan a potenciar una baraja basado en ellos. Los arquetipos más populares en esta generación son los Héroes Elementales. También aparecen cartas que rescatan en parte a los casi olvidados monstruos normales y también se hacen su aparición un nuevo tipo de monstruos de efecto avanzado llamados monstruos "géminis", cuyos efectos les permiten ser considerados como cartas de monstruo normal hasta que no se les invoque por segunda vez, que los hace muy combinables en barajas basadas en monstruos normales.

se colocan tanto monstruos de fusión como de sincronía. Los monstruos de fusión y las fusiones pasan a segundo plano hasta casi extinguirse. Tal como un arquetipo, los monstruos cantantes y de sincronía pasan a tener efectos de cartas exclusivos y más tarde algunos monstruos de sincronía se vuelven mucho más específicos en sus requisitos de invocación, por ejemplo en los monstruos de sincronía que pertenecen a un arquetipo como los Aesir o los del arquetipo "de basura" que requieren exclusivamente al monstruo

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