Traduccion y transcripcion de RNA

1. Describa detalladamente sus conocimientos acerca de los factores de transcripción que facilitan y apoyan la transcripción de RNA. Incluyendo aquellos que se unen directamente a la RNA polimerasa (20 puntos).

Los facteres de transcripción generalmente cumplen en forma colectiva las funciones desempeñadas por σ en la transcripción bacteriana, a pesar de no exhibir una homología secuencias importantes con respecto a esa proteína. Así los factores de transcripción contribuyen para que la polimerasa se una al primer y desnaturalice al DNA; también colaboran para que la polimerasa escape del primer y se dedique a la fase de alargamiento.

Muchos promotores de la Pol II contienen el denominado elemento TATA box; aquí es donde comienza la formación del complejo de pre iniciación. El elemento TATA box es reconocido por el factore de transcripción llamado TFIID; en realidad es un complejo de varias subunidades. El componente del TFIID que se une a la secuencia TATA box del DNA se llama TBP (TATA binnding protein = proteína de unión a TATA) Las demás subunidades de este complejo reciben el nombre de TAF porque son factores asociados a la TBP; algunos TAF contribuyen con la unión del DNA a ciertos primer y otros controlan la actividad de unión al DNA de la TBP.

La subunidad grande de la Pol II posee un dominio C- terminal (CTD) que se extiende como una “cola”; el CDT contiene una serie de repeticiones de la secuencia heptapeptídica.

2. Describa detalladamente sus conocimientos acerca de la TATA-box y otros elementos (BRE, INR, DPE) involucrados en el inicio de la transcripción (10 puntos).

Los promotores del RNA polimerasa II están formados por 3 regiones: iniciador box, la secuencia donde se encuentra el inicio de la transcripción; TATA- Box es la secuencia crítica donde el RNA polimerasa II reconoce al primer y una variedad de upstream elements.

3. Describa todos sus conocimientos acerca de los nucleosomas, Topoisomerasa y DNA-Gyrasa (15 puntos).

Nucleosomas: Unidad estructural de un cromosoma eucariote, similar a las cuentas de un collar compuesta por un segmento corto de DNA enrollado alrededor de un centro de histonas; la subunidad fundamental de la cromatina.

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Topoisomerasa: tanto los procariotes como los eucariotes tienen topoisomerasas de los tipos I y II que son capaces de eliminar superenrrollamiento del DNA.

DNA- girasa: Los procariotes tienen además una topoisomerasa del tipo II especial, conocida domo DNA girasa, que introduce superenrrollamiento negativo, en lugar de eliminarlo. La DNA girasa tiene a su cargo el supererrollamiento negativo de los cromosomas en los procariotes. Este facilita el desenrrollamiento del dúplex del DNA, lo que estimula muchas reacciones, incluida la iniciación tanto de la duplicación como de la transcripción del DNA.

4. Describa sus conocimientos acerca de los sitios de unión de proteínas activadoras y complejos remodeladoras de la cromatina (10 puntos).

Acetilasa: acetila en DNA para despegar en DNA de la histona y desdoblarlo para hacerlo accesible a la polimerasa y comenzar la replicación.

Desacetilasa: quita el grupo acetilo para crear de nuevo la afinidad del DNA con la histona y compactarlo. En las células eucariotas, el DNA se encuentra unido al nucleosoma ( masa de histonas formando una unidad repetitiva de partículas de DNA y proteínas), están formados por un nucleo octamétrico de proteínas alrededor del cual el DNA da dos vueltas:

La cromatina se divide en dos: Neterocromatina (altamente condensada, inactiva) eurocromatina (menos condensada, activa)

5. Describa detalladamente sus conocimientos acerca de las modificaciones post-transcripcionales en la parte 5´del RNA (15 puntos).

El agregado del casquete de RNA involucra una modificación del extremo 5´del transcripto del mRNA, el extremo que es sintetizado en primer lugar durante la transcripción. El casquete del RNA se forma mediante la adición de un nucleótido atípico: un nucleótido de G con un grupo metilo adherido.

Esto ocurre una vez que el RNA polimerasa ha generado cerca de 25 nucleótidos de RNA, mucho tiempo antes de haberse completado la transcripción de todo el gen.

6. Describa detalladamente sus conocimientos acerca del spliceosoma (15 puntos).

El corte y empalme del RNA es catalizado por el ensamble de snRNP más otras proteínas, que forman en conjunto el espliceosoma.

El esplicesoma reconoce las señales de corte y empalme sobre una molécula de pre-mRNA, acerca los dos extremos del intrón y proporciona la actividad enzimática para ambas reacciones. El sitio del punto de ramificación primero es reconocido por la BBP y la U2AF, una proteína colaboradora.

En las siguientes etapas, la snRNPU2 desplaza al BBP y al U2AF y forman un apareamiento de bases con la secuencia consenso del sitio del punto de ramificación y la snRNP U1 forma pares de bases con la unión de corte y empalme 5´. Posteriormente las reorganizaciones crean el sitio activo del espliceosoma y colocan en posición las partes apropiadas del sustrato de pre-mRNA para que se produzca la reacción de corte y empalme.

7. Describa detalladamente sus conocimientos acerca de las modificaciones post-traduccionales en la parte 3´del RNA (15 puntos).

La poli aldenilación le proporciona a la mayor parte del mRNA recién transcrito una estructura especial en su extremo 3´de un mRNA. A diferencia de las bacterias, donde el extremo 3´de un mRNA es simplemente un extremo de la cadena sintetizada por la RNA polimerasa, los extremos 3´de los RNA eucariotes son cortados por una encima que fragmenta la cadena de RNA en una secuencia partículas de nucleótidos y que luego son procesados por una segunda enzima que agrega una serie de nucleótidos de Adeninas (cola de poli A) repetidas sobre el extremo cortado. La cola de poli- A tienen generalmente unos pocos cientos de nucleótidos de longitud.

8. ¿Qué es el código genético? ¿Qué es un codón, anti-codón y cuantos amino ácidos existen? (10 puntos).

Código genético: grupo de reglas que especifican la correspondencia entre los tripletes de nucleótidos (codones) en el DNA o el RNA y los aminoácidos en las proteínas.

Codón: secuencia de tres nucleótidos en una molécula de DNA o de RNA mensajero que representa la instrucción para la incorporación de un aminoácido específico a una cadena polipeptídica en crecimiento.

Anti- codón: secuencia de tres nucleótidos en la molécula

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