Etica Marxista

Métodos de biología molecular abstractos para cultivo mixto

análisis eclipsar las técnicas basadas en el cultivo convencionales en

términos de una mejor sensibilidad y fiabilidad. La mayoría de las

estos métodos explotan las secuencias de 16S rRNA de la

comunidad de ADN, que a menudo se quedan cortos para el análisis de

microorganismos estrechamente relacionados. Detalles de esta investigación la

desarrollo y validación de una metodología integral

para diferenciar y caracterizar cuantitativamente dos

Especies de Pseudomonas en un cultivo mixto. Un bioinformática

herramienta basada en todo el genoma comparación polimorfismo

se utilizó para identificar secuencias marcadoras para diferenciar el

dos bacterias usando PCR cuantitativa en tiempo real. la cuantificación

de las dos especies se logró a través de una correlación

del ADN genómico en comparación con el número de células (genómico

Purificación de ADN) y el ciclo de umbral de número frente genómico

ADN (PCR en tiempo real). Varios factores, incluyendo la

limitación de purificación de ADN genómico, efectos de sustrato

concentraciones y fase de crecimiento en el ADN celular, y

elección de una o dos caras de reacción para PCR en tiempo real fueron

considerado y evaluado. El método desarrollado fue

validada experimentalmente contra sintéticamente construidas

consorcios.

Palabras clave cultura .Bioinformatics análisis mixto. marcador

secuencia. PCR cuantitativa en tiempo real

introducción

Los microorganismos existen poblaciones mixtas como para convertir tóxico

compuestos orgánicos a formas ambientalmente aceptables o

ellos mineralizar completamente con el agua, los minerales inorgánicos,

y dióxido de carbono (a través de biodegradación aeróbica) o metano

(a través de la biodegradación anaeróbica;. Providenti et al 1993). la

comunidad mixta utiliza ya sea actividades catabólicas de la

las especies asociadas para generar una degradativa completa

la vía de exposición o interacciones entre un substrateutilizing primaria

cepa y otras cepas auxiliares para degradar

compuestos recalcitrantes (Hamer 1997). Por ejemplo,

Pseudomonas putida y Pseudomonas fluorescens la acogida

diferentes vías metabólicas completamente mineralizado

benceno y tolueno en CO2 y H2O sin detectable

metabolitos intermedios (de Shim et al. 2005). Comparación de las

los potenciales de biodegradación de cultivo mixto y pura

estudios revelaron que un cultivo mixto fue más eficaz

de cultivos puros en benceno mineralizante, tolueno, acetato de

benceno, y o-xileno (BTEX) mezclas. La amplia mineralización

capacidad exhibida por cultivos mixtos no es sorprendente

y se puede atribuir ya sea a la presencia de diferentes

especies microbianas con una serie de vías metabólicas o

a las interacciones interespecíficas. Se ha observado que P.

F1 putida y Pseudomonas stutzeri OX1 exhibió

complementando las capacidades de biodegradación BTEX y que

una mezcla de las dos especies facilitó un efectivo

ruta metabólica para la biodegradación mejorada del

Compuestos BTEX (Nagarajan 2011). La investigación se centran en

la caracterización de este tipo de cultivos mixtos propicias tiene

recientemente aumentado. Estos entendimientos allanan el camino

no sólo para la elección legítima y uso de microorganismos

sino también para comprender microbiana y el sustrato

interacciones y la predicción de las respuestas del sistema en

términos de velocidad y la eficiencia debido a la perturbación en la bioprocesos (Van Hamme et al 2000;.. Reardon et al 2002;

Díaz-Ramírez et al. 2008). Por tanto, puede suponerse

que el análisis de la cultura mixta es fundamental para comprender,

controlar y optimizar bioprocesos para mayor

la eficiencia.

Técnicas basadas en el cultivo convencionales, tales como células

contando (Broadaway et al 2003;.. Lisle et al 2004; Soto et

al. 2005) y el perfil fisiológico a nivel comunitario

(Gamo y Shoji 1999; Merwe et al 2003;. Smalla et al.

1998) dependen el crecimiento selectivo de los microorganismos

y sufren de disparidades cualitativos y cuantitativos

(Coşkuner 2002). Caracterización microbiana mediante la investigación

la comunidad de ADN (Lee y Fuhrman 1990) o la

biomoléculas tales como ácido graso de quinona y producido en el

sistema (a Fang et al 2001;. Hu et al 2001;.. Werker et al 2003)

está limitada por la generación de un perfil característico de la microbiana

comunidad, que se utiliza generalmente para comparativa

análisis de las muestras. Métodos basados en la biología molecular, a diferencia de

las otras técnicas, caracterizan la comunidad microbiana

sin ningún tipo de prejuicios externos. Estos métodos analizan

la comunidad microbiana en base a secuencias específicas de ADN

favoreciendo la caracterización de los consorcios desconocidos

y / o análisis cuantitativo para elucidar comunidad

dinámica. Los métodos más utilizados son el de desnaturalización

electroforesis en gel de gradiente (Díaz-Ramírez et al.

2008; Nakatsu 2007), amplificado al azar polimórfica

ADN (Erlandson y Bat 1997; Franklin et al., 1999) para

caracterización cualitativa y cuantitativa en tiempo real PCR

(Grattepanche et al 2005;.. Smits et al 2004; Winderl et al.

2008), hibridación fluorescente in situ (FISH; Lee et al.

2002; Rogers et al. 2000; Wilen et al. 2008), y de la terminal

polimorfismo de fragmentos de restricción de longitud (t-RFLP; Schmidt

et al. 2007; Thies 2007; Yu et al. 2005) para cuantitativa

análisis.

Hasta ahora, los métodos de biología molecular se habían centrado principalmente

en el análisis de las secuencias del gen 16S rRNA de la

ADN comunidad. Dicho análisis se vuelve más complejo

cuando los miembros del consorcio están estrechamente relacionados, por

ejemplo que pertenece al mismo género. A continuación, describimos un

enfoque de todo el genoma para identificar secuencias marcadoras

para diferenciar y cuantificar dos bacterias, a saber, P. putida

F1 y P. stutzeri OX1, que muestran la capacidad de biodegradarse

benceno, tolueno, etilbenceno, o-xileno y para

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