La reforma liberal y la constitución del estado y la Constitución de 1857.

Durante la presidencia de Juan Álvarez se promulgaron varias leyes de orientación liberal entre ellas la ley Juárez y la ley Lerdo; la primera prohibía a los tribunales eclesiásticos y militares intervenir en asuntos civiles y la segunda establecía la desamortización de bienes eclesiásticos y civiles; además tenía por objetivo reactivar la economía. Pues los inversionistas harían productivas las tierras que permanecían baldias y el estado ganaría dinero por el cobro de impuestos sin embargo esta ley afectó a las comunidades indígenas pues muchos latifundistas se apropiaron de sus tierras de cultivo pronto hubo varios levantamientos armados en La Barca, Sayula, Autlán, Mascota, Mazamitla y Colotlán llegando incluso hasta Colima pero fueron sofocados por el Gobierno Federal en Nayarit. Manuel Lozada mejor conocido como "El tigre de Alica" se levantó en armas para defender las tierras de los indígenas, sin embargo, se vio envuelto en intrigas políticas y debido a que actúa a favor de comerciantes extranjeros su movimiento perdió brillo Por otra parte las constantes revueltas en todo el país provocaron la renuncia de Juan Álvarez cuyo lugar fue ocupado por Ignacio Comonfort.

Durante el gobierno de Comonfort se convocó un Congreso Constituyente, el cual elaboro una nueva constitución que fue promulgada el 5 de febrero de 1857, en estas establece un sistema republicano federal, la división de poderes, la desaparición de la vicepresidencia, la libertad de culto. La nueva constitución causó conmoción en diversos sectores de la población que defendían los privilegios de las iglesias y el ejército Félix Zuloaga se pronunció contra la Constitución con el plan de Tacubaya y sus movimientos con tal fuerza que el presidente Comonfort que hizo mediar la situación y derogó la nueva constitución, sin embargo, esto no detuvo el movimiento armado por lo que Comonfort decidió renunciar a la presidencia y salió del país la presidencia recayó entonces en Benito Juárez que representaba el bando liberal mientras que Zuloaga se invirtió con la primera magistratura por él bando conservador y 24 de enero de 1858 iniciando con ello la guerra de tres años o de reforma

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