En esta década comenzó el verdadero descenso de la que llego a ser la aerolínea más importante de América Latina

Década de 1990        

En esta década comenzó el verdadero descenso de la que llego a ser la aerolínea más importante de América Latina. El gobierno vendió su participación mayoritaria y Don Manuel Sosa de la Vega quien había logrado presentar excelentes ingresos a la empresa fue removido de su cargo. Después de esto mexicana regreso a manos de la iniciativa privada, a la llegada de Ricardo Garcia Sanz quien fue seleccionado como nuevo director general por los nuevos dueños realizo grandes cambios en las áreas más estratégicas de la empresa. El servicio internacional distintivo de mexicana que ofrecía comidas calientes, champaña y vinos de cortesía fue sustituido por el servicio estándar igualando al resto de las aerolíneas, los pasajeros resintieron dicha medida y prefirieron utilizar otras aerolíneas, la enorme flota que era propiedad de la empresa fue sustituida por equipo rentado. Entre 1991 y 1993 se introduce una nueva tecnología en equipos de aeronavegación con la llegada de nuevos aviones fabricados en Europa especialmente de Holanda. A mediados de los 90 la empresa lanza su página oficial de internet al mismo tiempo que formalizaron su alianza con United Airlines e iniciaron los vuelos con código compartido. La base de mantenimiento de mexicana recibe la clasificación JAR-145 como taller autorizado a escala mundial para dar servicios de mantenimiento a equipos de matrícula europea.

Se realizaron cambios que llegaron a ser más perjudiciales que benéficos uno de estos cambios fue la desaparición de la Universidad de Aerovías que se transformó en un Centro de Capacitación que, para Mexicana resultaba incongruente ya que ellos contaban con su propio Centro de Capacitación. Algunos de los instructores, que deberían enseñar a los trabajadores de Mexicana, eran personal que había sido despedido de la empresa. Con el paso de los años la gran empresa aérea poco a poco fue decayendo, los resultados no pudieron mentir. Años de buen manejo por parte de Don Manuel Sosa De La Vega, y las malas administraciones posteriores que no supieron mantener lo que habían heredado.

Nuevo Milenio

2000

El grupo mexicana se incorporó a Star Alliance

2002

Concluyo la primera fase de sustitución de la empresa. Mexicana logro recibir el distintivo de Empresa Socialmente Responsable otorgado por el Centro Mexicano para la Filantropía (CEMEFI)

2003

El 18 de febrero mexicana inicia sus operaciones en código compartido con Copa Airlines. La Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA) otorgo el Certificado de Cumplimiento Ambiental. En este mismo año mexicana se convirtió en la primera aerolínea en proporcionar vuelos a Buenos Aires sin escalas. Al igual que por segundo año consecutivo la empresa recibió el premio de Empresa Socialmente Responsable.

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