Práctica nº 1: Obtención De Coordenadas De Macromoléculas Del PDB Y Visualización De Su Estructura Tridimensional.

Práctica nº 1: Obtención de coordenadas de macromoléculas del PDB y visualización de su estructura tridimensional.

1. INTRODUCCION

Las coordenadas XYZ de los átomos de una macromolécula son la información necesaria para representar su estructura. Las coordenadas de las macromoléculas cuya estructura tridimensional se ha resuelto por difracción de Rayos X o resonancia magnética nuclear se encuentran depositadas en el Protein Data Bank (PDB). Al PDB se accede fácilmente por Internet: http://www.rcsb.org/. Una vez ahí se introduce el código PDB de la proteína deseada o se realiza una búsqueda por palabras (en inglés).

2. VISUALIZACION DE ESTRUCTURAS DE PROTEINAS CON EL PROGRAMA SPDBviewer

SPDBviewer (http://us.expasy.org/spdbv/) es un programa gratuito que permite representar la estructura tridimensional de moléculas utilizando coordenadas con formato pdb. Se puede utilizar al margen de Internet, como una aplicación independiente, abriéndolo y cargando las coordenadas o se puede utilizar como un programa auxiliar del navegador de internet que se activa automáticamente cada vez que hace falta.

Una vez cargada una molécula en SPDBviewer podemos verla de diversas maneras: como varillas, como bolas y varillas, como bolas, sólo los carbonos alfa de cada aminoácido, solo unas cintas que representan el discurrir del polipéptido, etc.

La molécula se puede rotar, trasladar y ampliar o reducir convenientemente. Se puede ver los puentes de hidrógeno, etc.

3. EJERCICIOS

 1nfn ¿Qué proteína es? ¿A qué tipo estructural pertenece? ¿Cuál es el aminoácido C-terminal de la hélice N-terminal?

 1flv ¿Qué proteína es? ¿A qué tipo estructural pertenece? ¿Qué aminoácidos aromáticos están en contacto con el grupo prostético FMN?

 1hti ¿Qué proteína es? ¿A qué tipo estructural pertenece? ¿Cuántas metioninas contiene?

 1aqb ¿Qué proteína es? ¿A qué tipo estructural pertenece? ¿Cuál es su cofactor? ¿Qué aminoácidos polares se encuentran en contacto con el cofactor?

 ¿Cuántos mutantes de la lisozima del fago T4 se han cristalizado?

 Visualizar algún complejo proteína/DNA

 Visualizar alguna molécula de DNA

 Visualizar algún carbohidrato

 Comparar la estructura de la ribonucleasa barnasa resuelta por difracción de rayos X (1a2p) con la determinada por RMN (1bnr).

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