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Por su privilegiada ubicación geográfica, Honduras cuenta con diferentes tipos de bosques, los cuales albergan una gran biodiversidad de plantas y animales. Se estima que en Honduras existen; unas 8000 especies de plantas, alrededor de 250 reptiles y anfibios, más de 700 especies de aves y 110 especies de mamíferos, distribuidos en las diferentes regiones ecológicas de Honduras. Estas zonas; están compuestas por la selva lluviosa o pluviselva, la nebliselva (o bosque nublado), los bosques mixtos subtropicales, las sabanas y los bosques de matorrales. La selva lluviosa de Honduras está ubicada en la zona de La Mosquitia, Colón y parte del departamento de Olancho. Esta zona, comprende el 30% del territorio hondureño y es conocida en su mayor parte, como la Reserva de la Biosfera de Río Plátano. Por su importancia, esta reserva, fue añadida a la lista de sitios de Patrimonios de la Humanidad por la de Unesco en 1982, y es considerada por algunos expertos, como los pulmones de América Central.

En esta zona, se encuentran desde árboles gigantes, hasta orquídeas, palmas, La Tigra entre otras miles especies de plantas. La fauna es variada; allí se encuentran mamíferos como el tigrillo, gato montés, dantos, monos, murciélagos etc. Así también; muchísimas especies de insectos, reptiles, anfibios y aves.

Los bosques mixtos y subtropicales; incluyen a los bosques tropicales y subtropicales húmedos, los bosques tropicales/subtropicales secos y los bosques tropicales/subtropicales coníferos. Estos Bosques mixtos subtropicales de Honduras, componen el 36% de la geografía hondureña. En este tipo de bosques, predomina una elevada humedad ambiental a lo largo de todo el año, con precipitaciones de 1000 a 2000 mm de lluvia, donde se dan los pinos, el aguacate montero, el níspero, etc. Entre los animales que habitan esta zona se encuentran: Los mapaches, coyotes, gato montés, pájaro carpintero, urracas, cerdo de monte, gavilán entre otras tantas especies.

Otros bosques nublados de suma importancia son: el Parque Nacional Montecristo, Refugio de Vida Silvestre Montaña Verde, Parque Nacional Santa Bárbara, Parque Nacional Cusuco, Parque Nacional Pico Pijol, Refugio de Vida Silvestre Texiguat, Parque Nacional Pico Bonito entre otros. En estos parques se encuentran animales como la guara roja, pájaro bobo, puercoespín, monos, etc. Entre las plantas más notorias están: liquidámbar, achotillo, árbol de María, cedro real, caoba, pinos y muchos otros más.

Honduras también cuenta en su territorio con las sabanas. Éstas componen un 15% del territorio hondureño y se encuentran localizadas, particularmente en los departamentos sureños de Valle y Choluteca. Las sabanas son llanuras con un clima seco tropical, donde la estación seca dura 6 meses o más. Allí predominan las hierbas.

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