Biologia.

4 Véase también

5 Referencias

6 Enlaces externos

Descripción [editar]

Las bases de datos biológicas se han convertido en un instrumento importante para ayudar a los científicos a comprender y explicar una serie de fenómenos biológicos desde la estructura biomolecular y su interacción, hasta el metabolismo completo de los organismos y a la comprensión de la evolución de las especies. Este conocimiento ayuda a facilitar la lucha contra las enfermedades, ayuda en el desarrollo de medicamentos, y en el descubrimiento de las relaciones básicas entre las especies en la historia de la vida.

El conocimiento biológico se distribuye entre múltiples bases de datos generales y especializadas. Esto a veces hace que sea difícil garantizar la coherencia de la información. Las bases de datos biológicas tienen referencias cruzadas con otras bases de datos con el número de acceso como una forma de vincular sus conocimientos relacionados con el conjunto.

Un recurso importante para la búsqueda de bases de datos biológicos es un tema anual de la revista Nucleic Acids Research (NAR). Un artículo acerca de las bases de datos en NAR está disponible gratuitamente y se clasifican muchas de las bases de datos en línea a disposición del público relacionadas con la biología y bioinformática.

Bases de datos de secuencias [editar]

Uno de los tipos de bases de datos más usuales en bioinformática, son las bases de datos de secuencias. Estas son una gran colección de secuencias de ADN, proteínas y otras, que son almacenadas en computadoras. Una base de datos puede incluir secuencias de un sólo organismo, como la base da datos que contiene todas las proteínas de la Saccharomyces cerevisiae, o puede incluir secuencias de todos los organismo cuyo ADN ha sido secuenciado.

Existen bases de datos primarias, que contienen información directa de la secuencia, estructura o patrón de expresión de ADN o proteína, y secundarias que contienen datos e hipótesis derivados del análisis de las bases de datos primarias, como mutaciones, relaciones evolutivas, agrupación por familias o funciones, implicación en enfermedades, etc.

Problemas por los formatos de entrada [editar]

Un problema fundamental en todas las grandes bases de datos genómicas es que los registros provienen de una gran variedad de fuentes, desde investigadores individuales hasta grandes centros de secuenciamiento. Como resultado, las secuencias mismas y principalmente las anotaciones biológicas adjuntas a estas secuencias, varían notablemente en calidad. También hay mucha redundancia ya que muchos laboratorios ingresan a menudo secuencias que son idénticas o muy similares a otras en la base de datos.

Muchas anotaciones no están basadas en experimentos de laboratorio sino en resultados de búsquedas de secuencias similares de secuencias previamente anotadas. Por supuesto, una vez que una secuencia es anotada basándose en su similitud con otra, puede servir como base para futuras anotaciones. Esto conduce al problema de las anotaciones transitivas, porque puede haber varias de esas secuencias transferidas por similitud de secuencia entre una base de datos de registro real y la información experimental de laboratorio. Por lo tanto, siempre hay observar el sentido biológico de las anotaciones en las principales bases de datos de secuencias con un considerable grado de escepticismo, a menos que pueda ser verificada por referencias a artículos publicados con la descripción de la alta calidad de los datos experimentales, o al menos por referencia a una secuencia de la base de datos arreglada por un humano.

4 Véase también

5 Referencias

6 Enlaces externos

Descripción [editar]

Las bases de datos biológicas se han convertido en un instrumento importante para ayudar a los científicos a comprender y explicar una serie de fenómenos biológicos desde la estructura biomolecular y su interacción, hasta el metabolismo completo de los organismos y a la comprensión de la evolución de las especies. Este conocimiento ayuda a facilitar la lucha contra las enfermedades, ayuda en el desarrollo de medicamentos, y en el descubrimiento de las relaciones básicas entre las especies en la historia de la vida.

El conocimiento biológico se distribuye entre múltiples bases de datos generales y especializadas. Esto a veces hace que sea difícil garantizar la coherencia de la información. Las bases de datos biológicas tienen referencias cruzadas con otras bases de datos con el número de acceso como una forma de vincular sus conocimientos relacionados con el conjunto.

Un recurso importante para la búsqueda de bases de datos biológicos es un tema anual de la revista Nucleic Acids Research (NAR). Un artículo acerca de las bases de datos en NAR está disponible gratuitamente y se clasifican muchas de las bases de datos en línea a disposición del público relacionadas con la biología y bioinformática.

Bases de datos de secuencias [editar]

Uno de los tipos de bases de datos más usuales en bioinformática, son las bases de datos de secuencias. Estas son una gran colección de secuencias de ADN, proteínas y otras, que son almacenadas en computadoras. Una base de datos puede incluir secuencias de un sólo organismo, como la base da datos que contiene todas las proteínas de la Saccharomyces cerevisiae, o puede incluir secuencias de todos los organismo cuyo ADN ha sido secuenciado.

Existen

...