Nanopore no es NAAT

Nanopore no es NAAT

Para entender por qué nanopore no es un NAAT, hay que entender el concepto de NAAT que es  un sistema de amplificación de ácidos nucleicos que se basa en multiplicar una secuencia  especifica de ADN  y asi realizar su lectura. El sistema nanopore se basa en el uso de proteínas naturales con capacidad de formar poros, estas pueden ser α-hemolisina (aislada de Staphylococcus aureus) esta es una proteína heptamerica con un diámetro interno de 1nm, aproximadamente 100.000 veces más pequeño que el de un cabello humano, en la cual Oxford diseño adaptaciones específicas para que el nanopore cumpla su función de sensor,  cuando pasa una molécula diferente en tamaño, bloquean una proporción diferente del nanoporo aplicando una carga eléctrica distinta (figura 1)  la cual va a ser analizada por el sistema de software (figura 2). Las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) no detectan directamente las modificaciones de base en el ADN nativo. Por el contrario, la secuenciación de una sola molécula de ADN y ARN nativos con tecnología nanopore puede detectar modificaciones en nucleótidos individuales.  Nanopore no necesita de amplificaciones su trabajo es en tiempo real, Esta utilidad en tiempo real de MinION fue demostrada por primera vez por Loose et al. En un manuscrito que describía el enriquecimiento específico ('Read Until') de regiones de 5 y 10 kb a partir del ADN bicatenario del fago lambda (dsDNA .[pic 1]

En un estudio para la evaluación cuantitativa y cualitativa de poblaciones de ADNc, la secuenciación global de nanopore, representada por la plataforma ONT MinION, ha demostrado ser una alternativa viable, para la cuantificación del ADNc, a la plataforma de secuenciación de lectura corta Illumina y a la plataforma de secuenciación de lectura prolongada PacBio RS . Este tipo de tecnología representa un método fiable debido a que no hay riesgo de que se presenten errores por amplificación de la cadena (mutaciones), Oxford ha desarrollado mejoras al producto aplicando enzimas que guían la cadena hacia el nanoporo, además de usar el grafeno para aumentar la sensibilidad y la conductancia eléctrica, el diámetro del nanoporo obtenido en la membrana de grafeno varía entre 3 nm y 7 nm, se demostró que el grafeno es un nanomaterial óptimo para este proceso, ya que en él las magnitudes de bloqueo, al pasar las bases de ADN por el nanoporo, son más pronunciadas que en otros materiales[pic 2]

[pic 3]     [pic 4]

Figura 1                                                      Figura 2

Bibliografía

1. https://nanoporetech.com/how-it-works/nanopore_sequencing-workflow
2. https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-1103-0
3. https://www.nature.com/articles/srep31602
4. http://www.nanoporundia.org/web/wp-content/uploads/2014/04/secuanciacion-del-adn-por-medio-de-nanoporors-en-grafeno.pdf

...