Ofrece una descripción general acerca del clan, una imagen 3D de la proteína y los miembros que pertenecen a este clan.

SUMARY: Ofrece una descripción general acerca del clan, una imagen 3D de la proteína y los miembros que pertenecen a este clan.

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DOMAIN ORGANIZATION: Muestra una lista de la organización o la arquitectura sobre este clan, al seleccionar algún elemento de la lista ofrece información general acerca de la proteína e información detalla en Uniprot.

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ALIGNMENTS: La siguiente tabla muestra el número de ocurrencias de cada dominio en toda la base de datos de secuencia.

Entre paréntesis al lado de cada número es el porcentaje del número total de secuencia de disparo para el clan que están representados por este dominio. La columna más a la derecha proporciona un enlace a la ficha alineaciones para cada dominio. Finalmente, la última fila de la tabla proporciona un enlace a la representación HTML de la alineación de las alineaciones de semillas para todos los miembros de este clan.

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RELATIONSHIPS: Este diagrama muestra las relaciones entre los miembros de este clan.

Las relaciones entre las familias en un clan se determinan utilizando HHsearch. Las familias se consideran estrechamente relacionados si su E-valor es inferior a 10 -3 y estas relaciones se muestran con una línea continua. Menos estrechamente relacionado pares de la familia, con un E-valor de entre 10 -3 y 10 -1, se muestra con una línea discontinua.

Se muestra el E-valor para cada par de familias de cerca o parcialmente relacionadas al lado de la línea que une a las familias. Al hacer clic en el E-valor le llevará a las parejas HMM-logo para esa relación. Usted puede ver la información relativa a una familia Pfam haciendo clic en el cuadro de familia.

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SPECIES: Este árbol muestra la ocurrencia de los dominios en este clan a través de diferentes especies.

Para todos los partidos de dominio en una alineación completa contamos el número de dominios que se encuentran en todas las secuencias en la alineación. Este total se muestra en la púrpura caja. También contamos el número de secuencias únicas en la que se encuentra cada dominio, que se muestra en verde. Nota que un dominio puede aparecer varias veces en la misma secuencia, lo que lleva a la diferencia entre estos dos números. Finalmente, las secuencias de grupo del mismo organismo de acuerdo con el código de NCBI que se asigna por UniProt, lo que nos permite contar el número de secuencias distintas de las que se encuentra el dominio. Este valor se muestra en las rosadas cajas.

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NOTA: Algunos árboles contienen muchos miembros por lo cual no se puede mostrar.

INTERACTIONS: Hay 26 interacciones de este clan.

Se determinan estas interacciones utilizando i Pfam, que considera las interacciones entre los residuos en las estructuras de proteínas en tres dimensiones y los mapas de esas interacciones de nuevo a las familias Pfam.

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STRUCTURES: Para aquellas secuencias que tienen una estructura en el banco de datos de la proteína, se utiliza la asignación entre UniProt, PDB y Pfam sistemas de coordenadas de la MSD grupo, que nos permite mapear dominios Pfam en UniProt estructuras tridimensionales. La siguiente tabla muestra la correspondencia entre las familias Pfam en este clan, las entradas UniProt correspondientes, y la región de las estructuras tridimensionales que están disponibles para esa secuencia.

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