El núcleo está limitado por una cubierta nuclear formada por dos membranas

El núcleo está limitado por una cubierta nuclear formada por dos membranas, con poros característicos. Suele contener un nucléolo formado principalmente del ARN, que algunas veces desaparece durante la división nuclear. En el citoplasma, que está limitado por la membrana plasmática, se encuentran los orgánulos y las inclusiones usuales: mitocondrias, vacuolas, vesículas, retículo endoplasmático, ribosomas, microcuerpos, microtúbulos, cristales, glucógeno, etc. Los lomasomas, estructuras membranosas situadas entre la membrana plasmática y la pared celular, se encuentran más frecuentemente en los hongos que en otros organismos. Los cuerpos de Golgi o dictiosoma, por otra parte, no están siempre presente en los hongos, como mínimo en lo que se considera en su forma típica.  

Estructuras somáticas. El talo de los hongos está formado típicamente por filamentos microscópicos que se ramifican en todas las direcciones, desplegándose sobre el substrato que les sirve de alimento o dentro de dicho substrato. La hifa está formada por una pared delgada, transparente, tubular, llena o interiormente tapizada por una capa de protoplasma de grosor variable. El protoplasma contenido dentro de las hifas está interrumpido a intervalos regulares por paredes transversales, que dividen a cada hifa en compartimentos o células. Estos tabiques transversales se denominan septos. En los hongos filamentosos más sencillos, los septos sólo se forman en la base de los órganos reproductores, de formas de hifas que están creciendo vigorosamente son cenocíticas, es decir son aceptadas o no septadas. Sin embargo cuando las hifas envejecen, se forman septos en varios puntos. A medida que una parte de hifas muere y el protoplasma se retira el al ápice en crecimiento, se forma un septo que separa la porción muerte de la viva. Distinguimos dos tipos generales de septos: los primarios y los adventicios. Los septos primarios se forman en relación con la división nuclear y quedan ubicados entre los núcleos hijos. Los septos adventicios se forman independientemente de la división nuclear y están especialmente relacionados con los cambios en la concentración del protoplasma, a medida que éste se mueve de una parte de la hifa a otra.  Los septos varían por su estructura. Algunos son simples, otros son complejos. Todos los tipos parecen formarse por crecimiento centrípeto, desde la pared hifal hacia la parte interna. En algunos septos, el crecimiento continúa hasta que el septo se ha convertido en una placa continua; en otros, el septo queda incompleto, dejando un poro en el centro que a menudo puede estar taponado u ocluido. En los hongos más complejos, los septos poseen un aparato central especial que corresponden a una dilatación en forma de barril, típicamente rodeada, por ambos lados, por una membrana perforada, este es el denominado septo dolíporo.

Composición de la pared celular. Es multilaminada y las laminillas que la integran están formadas por fibrillas, y las laminillas que las integran están formadas por fibrillas diversamente orientadas. Los principales constituyentes químicos de la pared celular de los hongos son diversos polisacáridos, peor también cuentan entre ellos proteínas, lípidos y otras sustancias. La composición química de la pared celular no es la misma en todos los hongos pero se puede poner algunos ejemplos.

División nuclear. Los hongos no es difícil poner de manifiesto la existencia de núcleos organizados cada uno con una cubierta nuclear, un nucléolo y filamentos de cromatina que se organizan en los cromosomas durante la división. Los núcleos de las de las parates somáticas de la mayoría de los hongos son extremadamente diminutos y su estudo con el microscopio óptico resulta muy difícil. En general la  mitosis que tiene lujar en los hongos puede describirse de la manera siguiente. Si pasamos por alto algunas fases de los Mixomicetes, la mitosis de la mayoría de los hongos es típicamente intranuclear (cerrada) y está caracterizada  por la presencia de centriolos, o de pequeñas estructuras densas frente a los electrones, denominadas corpúsculos polares de huso (CPH) o de orgánulos asociados al núcleo (OAN). Por intra nuclear queremos decir que la envoltura nuclear no se deshace durante la profase, como sucede con la mayoría de plantas y animales que permanece más o menos intacta a lo largo de la mayor parte de la división. En los hongos que producen células flageladas es típico que los centriolos se encuentren estrechamente unidos a la envoltura nuclear y están asociados al material que regula la formación del huso. La divisiones nucleares en la que intervienen centriolos se denominan céntricas, en contraposición, con las divisiones no céntricas, que carecen de ellos. Es típico que los centriolos de los hongos se presenten de dos en dos y sean parecidos a los de los demás eucariontes. Cada centriolo es un cilindro corto formado por nueve tripletes microtúbulos dispuesto formando un anillo. En los grupos de hongos más completos no flagelados, los centriolos están ausentes. En su lugar cada núcleo en profase presenta un corpúsculo polar de huso, el cual, típicamente está unidos la membrana nuclear. Esta estructura carece de los componentes microtubulares característicos d un centriolo, y de ordinario aparece como una estructura densas a los electrones, halteriforme, cilíndrica o esférica.  Durante la división nuclear, el CPH se divide y los CPH hijos migran a los polos opuestos del núcleo, de una manera muy parecida a como lo hacen los centriolos.

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