Métodos de identificacion de microbios

METODOS DE IDENTIFICACION MICROBIANA

Con el objetivo de identificar el agente etiológico responsable del proceso infeccioso y para conocer las implicaciones patogénicas/patológicas. La evolución clínica y aplicar una terapia antimicrobiana eficaz, un pilar fundamental en la práctica de la microbiología clínica lo constituye la asignación de especie de un aislamiento microbiano.

Esta revisión profundiza en tres tipos de microbiología; los métodos fenotípicos, moleculares y proteómicos.

Métodos fenotípicos: La identificación bacteriana se realiza por medio de métodos convencionales basadas en las características fenotípicas, puesto que su realización coste los hace asequibles. Características observables de las bacterias como su morfología, desarrollo y propiedades bioquímicas y metabólicas. El cultivo es esencial la correcta elección del medio de crecimiento y las condiciones de incubación, una prueba o una bacteria de pruebas de forma secuencial en función de fiabilidad de las mismas, del género o de la especie bacteriana que se pretende identificar, del origen del aislado bacteriano, así como el coste de las mismas.

Características macroscópicas: morfología y hemolisis; cultivo: cultivos medios de cultivo y requisitos de crecimiento en relación a atmosfera.

Pruebas bioquímicas: 1 Pruebas que se utiliza identificación preliminar y lectura inmediata. 2 pruebas rápidas, lectura menos de 6h. 3 pruebas lentas, con lecturas de 18 a 48h (oxido fermentación). 4 pruebas basadas caracteres de resistencia a ciertas sustancias y tal como optoquina.

Métodos moleculares: La ausencia de concordancia entre las características observables, morfológicas y/o fenotípicas del aislamiento en estudio y las correspondientes a la(s) cepa(s) de la especie tipo, hacen que los métodos fenotípicos realicen la identificación más probable y no definitiva. Una amplia variedad de genes han sido utilizados como dianas moleculares en los estudios taxonómicos o de filogenia en las distintos géneros y distintas especies bacterianas, constituyendo el análisis del ARNr 16S el marcador inicial y en numerosas situaciones el marcador suficiente para realizar una identificación más precisa.

Las técnicas de identificación molecular en bacterias mediante el análisis del 16S ARNr u otros genes mencionados arriba, se basan en la amplificación genómica y en la secuenciación de esos genes o sus fragmentos.  El medio de cultivo o las condiciones de incubación no serán factores determinantes, pero sí serán factores críticos la extracción del ADN cromosómico y la amplificación, procesos técnicos que deberán tenerse en cuenta en toda metodología de identificación molecular en el laboratorio de microbiología. 

En la práctica de la microbiología clínica se producen una serie de circunstancias en la identificación bacteriana como son: dificultades en el aislamiento, crecimiento lento o en medios de cultivo in vitrocomplejos, baja actividad en las pruebas bioquímicas, ausencia o baja efectividad de técnicas serológicas, etc.

Desventajas de la identificación molecular

Distintas causas originan una incorrecta asignación de género y especie cuando se realiza una identificación mediante el análisis de la secuencia y su alineamiento con otras secuencias (Calidad disminuida de las secuencias depositadas en la base de datos y errónea asignación de especies, Ausente o baja correlación entre la identificación genotípica y fenotípica, Baja resolución en la identificación mediante ARNr 16s, Presencia de electroferogramas o cromatogramas de ADN mixtos).

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