SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS DE PROTEÍNAS EN GEL DE POLIACRILAMIDA CON SDS

SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS DE PROTEÍNAS EN GEL DE

POLIACRILAMIDA CON SDS

PRESENTADO A:

ADALBERTO SANCHEZ

PRESENTADO POR:

VICTOR NAVARRETE CASTAÑO

BIOQUIMICA

MEDICINA 1 SEMESTRE

UNIVERSIDAD SANTIAGO DE CALI

MIERCOLES 24 DE OCTUBRE DEL 2012

INTRODUCCION

Las proteínas son moléculas cuya carga neta depende del contenido de una serie de aminoácidos. En los soportes no restrictivos la separación depende de la densidad de carga de las moléculas y, así, cuanto mayor sea la densidad, mayor será la velocidad de migración en un campo eléctrico hacia el polo que determine su carga neta.

La electroforesis de proteínas es una prueba de laboratorio basada en la separación de proteínas aplicando un campo eléctrico. Para realizar esta prueba, los laboratorios pueden  usar un medio sólido (como el gel de poliacrilamida). Cuando una muestra con una mezcla de proteínas diferentes es aplicada en un gel, las diferentes proteínas de la mezcla se separarán en función de su carga eléctrica.  

MARCO TEORICO

PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA

Mediante un laboratorio virtual de electroforesis de proteínas en gel, determinar la posible proteína problema.

OBJETIVOS

• Experimentar con las proteínas, rangos de masa molecular que se aproximen a datos de proteínas conocidas.
• Ser capaces de lograr un buen ejercicio e investigar los datos de las proteínas que debemos separar y encontrar.
• Examinar problema tras problema las diferencias entre sus características químicas y físicas tales como su masa molecular, movilidad relativa, logaritmos.
• Alcanzar un nivel adecuado del conocimiento y manejo de la electroforesis para tener buenos conocimientos a la hora de realizarlo en un laboratorio.

 PARTE EXPERIMENTAL

MATERIALES Y METODOS

El laboratorio virtual disponía de los siguientes implementos para poder realizar la electroforesis de proteínas:

• Acrilamida, de: 7.5%, 10%, 12%  y 15%.
• Proteínas patrones: beta-Galactosidasa, Ovalbúmina, anhidrasa carbónica, Triosa-fosfato-isomerasa, Mioglobina, Lisozima, Inhibidor de tripsina.
• Voltaje, de: 50V, 100V, 150V y 200V.
• Proteínas problema, enumeradas del 1 al 10.

Una vez seleccionado el porcentaje de acrilamida, las proteínas patrones, el voltaje y la proteína problema, agregábamos la muestra y el patrón al simulador.

PROCEDIMIENTO

Después de haber agregado el patrón y la muestra al simulador, empezamos nuestra animación aproximada a lo que seria una electroforesis en el laboratorio:

1. Pinchar el botón comenzar.
2. Esperar hasta que las proteínas se separen y luego detener la animación (no olvidando no dejar perder los residuos).
3. Dar click en la barra negra de la proteína problema y así conoceremos su movilidad relativa.
4. Ir a la grafica y seleccionar el valor de movilidad relativa, allí se harán los cálculos computacionalmente y nos arrojará el valor de su masa molecular aproximada.

RESULTADOS Y ANÁLISIS

Problema Nº 2

[pic 1]

Mr= 24907, donde se divide entre 1000 para conocer su masa en kDa.

Masa molecular= 24,9kDa → 25 kDa

La posible proteína presente en el problema Nº 2 con masa molecular de 25kDa es la llamada SNAP25, esta proteína modula la comunicación entre neuronas y resulta clave para el futuro desarrollo de terapias en el tratamiento de enfermedades como la epilepsia o la neurodegeneración.

                          [pic 2] 

                                    Vista 3D de la proteína SNAP25

...